關于開展"兩個黎藥全基因組圖譜開發及多組研究項目的征集公告

一、委托背景與目標

為深入挖掘與保護海南黎族特色藥用植物資源，闡明其藥效物質基礎的遺傳學依據，推動黎藥新品種培育、質量標準化及產業發展，我院擬啟動兩個關鍵黎藥物種的全基因組圖譜繪制及多組學整合分析研究。該項目旨在獲得染色體級別的高質量參考基因組，并通過重測序、轉錄組及代謝組學分析，揭示其遺傳多樣性、基因功能及活性成分合成通路。

二、服務內容與技術標準

承接方需為我院提供以下全流程技術服務：

（一）基因組De Novo測序與組裝

1.物種1（基因組預估1.4G）：

采用PacBio Revio平臺進行HiFi測序（≥70G Raw Data）。采用Nanopore PromethION平臺進行超長測序（≥3個cell Raw Data）。完成基因組Survey評估、T2T水平組裝與掛載、全套基因組注釋（重復序列、基因結構、功能）。進行Hi-C輔助染色體拼接（掛載率>90%）、比較基因組學及高級分析。

2.物種2（基因組預估5G）：采用Nanopore PromethION平臺進行測序（≥10G Raw Data）。完成ONT-only基因組組裝、注釋、Hi-C染色體掛載及比較基因組學分析。

（二）多組學整合分析

1.重測序：對物種1提供的100個樣本進行DNA提取與測序，各產生30G數據，進行群體遺傳學分析。

2.轉錄組：對兩個物種各24個樣本進行常規轉錄組測序，每個樣本產生6G數據。

3.靶向代謝組：對兩個物種各24個樣本進行靶向代謝組學檢測與分析。

（三）數據交付與成果

1.交付成果：完整的項目《結題報告》、全部原始測序數據（FastQ格式）及分析結果。

2.交付方式：線上交付。

3.知識產權：項目所產生的全部技術成果，包括但不限于論文署名權、專利申請權、后續開發利用權等，歸點擊登錄查看所有。

三、對承接方的資格與能力要求

1.技術平臺：必須具備成熟的PacBio Revio、Nanopore PromethION、DNBSEQ等主流三代、二代測序平臺，并擁有豐富的動植物基因組De Novo組裝經驗。

2.專業能力：擁有強大的生物信息學團隊，能夠獨立完成T2T級別基因組組裝、多組學整合分析及各類高級生物信息學分析。

3.項目經驗：擁有類似規模的藥用植物基因組項目成功案例，能應對高雜合、高重復基因組的技術挑戰。

4.質量保障：能夠明確承諾本合同第二條所列的各項技術指標（如N50、BUSCO、Mapping Rate等）。

四、服務要求與流程管理

1.項目周期：自合同簽訂之日起12個月內完成全部工作并交付成果。

2.溝通機制：承接方需指定固定的項目負責人，與我院項目聯系人建立定期溝通機制，按月匯報項目進展。

3.樣品管理：承接方需對樣品進行規范檢測，對不合格樣品需及時溝通確認，并明確后續處理方式及費用。

4.保密義務：承接方須對項目所有數據、資料及成果承擔保密責任，保密期限自合同生效起不少于5年。

5.檔案管理：建立完整的項目服務檔案，確保所有實驗記錄、數據、溝通文書可追溯。

五、項目預算

1.項目預算：本項目限價（￥288,000.00）。